在我國全面邁向創(chuàng)新型國家的過程中,生物樣本庫發(fā)展迅速,實驗室信息化建設(shè)對于支撐樣本庫的建設(shè)、運營、管理和服務(wù)全程具有極為重要的作用。
實驗室信息化管理系統(tǒng)可實現(xiàn)生物樣本、臨床資料、分子數(shù)據(jù)等各種資源的高效管理和全面共享;對外通過數(shù)據(jù)集成、交換和安全系統(tǒng),形成一體化的整合數(shù)據(jù)庫和公共門戶網(wǎng)站,面向臨床樣本資源的各類訪問者展示可用資源,實現(xiàn)網(wǎng)上檢索、遞交申請、網(wǎng)上審批等功能,借助大數(shù)據(jù)時代的優(yōu)勢,有效管理和使用生物樣本及其衍生的各種信息,并使之最大限度地服務(wù)于醫(yī)療領(lǐng)域。
實驗室信息化建設(shè)支撐樣本庫管理、服務(wù)和運營的全過程,實現(xiàn)從生物樣本及臨床信息資料的采集、儲存、應(yīng)用、產(chǎn)出和質(zhì)量控制的全面信息化管理,對促進信息資源共享、提高研究效率具有重要作用。
實驗室信息化管理系統(tǒng)依托自上而下的模式為頂層設(shè)計,建設(shè)國家級生物樣本庫網(wǎng)絡(luò),通過制定通用數(shù)據(jù)元和網(wǎng)絡(luò)接口方式,有效保證樣本信息的質(zhì)量并解決不斷提升的信息容量。保障信息質(zhì)量,還可有效促進資源共享,實施大規(guī)模、高通量的研究。整合現(xiàn)有的信息資源建立協(xié)作網(wǎng)絡(luò),從基礎(chǔ)管理、樣本采集到存儲和研究均利用現(xiàn)有的系統(tǒng)數(shù)據(jù),形成集成共享資源。
實驗室信息化建設(shè)集成現(xiàn)有的信息數(shù)據(jù)進行協(xié)作高效且快速,多層次精準醫(yī)學(xué)知識庫體系和生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)共享平臺建設(shè)項目。探索建立隊列資源開放應(yīng)用機制和樣本與數(shù)據(jù)共享機制迫在眉睫,多元化臨床研究樣本庫的信息建設(shè)亟待統(tǒng)一和規(guī)范。
隨著對疾病認識的加深,研究者需要多樣化的生物樣本及分子資源。臨床醫(yī)療領(lǐng)域新的研究技術(shù)也將產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)需要存儲,同時需要開展高通量分析及大數(shù)據(jù)深度挖掘,這種復(fù)雜化、多樣化的信息交互和存儲,以及容量不斷擴展和分析挖掘的需求,使得僅以樣本為中心將難以滿足科研需要,臨床生物樣本庫的發(fā)展戰(zhàn)略需從以生物樣本為中心轉(zhuǎn)換為以信息為中心。生物樣本庫信息管理系統(tǒng)應(yīng)涵蓋生物樣本管理系統(tǒng)、臨床數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)、分子數(shù)據(jù)平臺、科研項目以及儀器、人員、設(shè)備、財務(wù)等綜合性管理系統(tǒng)。
實驗室信息化管理平臺圍繞一個基本點,兼具延展性、開放性和密閉性的特點。以樣本生命周期為主線,實現(xiàn)從樣本入庫核收、處理、分裝、標識、凍存的全過程管理,可進行樣本類型定義、注釋、凍存空間分配、效期管理、動態(tài)庫存統(tǒng)計、出入庫管理、質(zhì)控記錄管理等,通過唯一標識或編碼實現(xiàn)樣本譜系化溯源管理。
面向醫(yī)療實驗室研究者、工作人員各種角色進行權(quán)限開放,并通過提示性的查詢和完備的報告系統(tǒng),對醫(yī)療研究進行精細化管理、全程監(jiān)測和適時提醒。
通用數(shù)據(jù)元標準化是建設(shè)的基本點,也是數(shù)據(jù)能夠?qū)崿F(xiàn)共享的關(guān)鍵點。 通用數(shù)據(jù)元是通過定義和標識來規(guī)定具有某些屬性的通用數(shù)據(jù)單元,各種通用數(shù)據(jù)元共同組成數(shù)據(jù)元字典,其設(shè)定的目的是提高數(shù)據(jù)質(zhì)量并促進共享,以規(guī)范樣本數(shù)據(jù)表達的一致性,提高數(shù)據(jù)質(zhì)量,實現(xiàn)各隊列、各樣本庫之間數(shù)據(jù)庫聯(lián)網(wǎng)。并對實驗室龐大數(shù)據(jù)的存儲、交互和挖掘,便于開展高通量篩選、檢測、功能分析以及臨床驗證,將多組學(xué)數(shù)據(jù)與疾病的臨床數(shù)據(jù)相關(guān)聯(lián),進行深度信息分析和挖掘,提高樣本攜帶生物大數(shù)據(jù)的利用和轉(zhuǎn)化能力,從多角度探究疾病的發(fā)病機制及個性化診療。
實驗室信息化管理平臺包含:科研項目管理系統(tǒng)實現(xiàn)對出入庫科研項目的流程管理; 人力資源管理系統(tǒng)實現(xiàn)人員資質(zhì)及培訓(xùn)、考核管理; 保障系統(tǒng)實現(xiàn)對中心各項運行設(shè)備、耗材和試劑的維護和過程記錄,物聯(lián)管控; 信息發(fā)布系統(tǒng)通過開放門戶網(wǎng)站面向臨床樣本資源的各類訪問者展示可用資源、申請流程和共享方式等,實現(xiàn)快速檢索、遞交申請和審批等功能。 為保證各系統(tǒng)數(shù)據(jù)集成、傳輸和交換的可靠性、穩(wěn)定性和高效性,信息體系的建設(shè)需在網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)模式、技術(shù)架構(gòu)、數(shù)據(jù)傳輸、數(shù)據(jù)連接、瀏覽方式等方面進行全面深入的考慮,在網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)模式上可采用B/S(Browser/Server)結(jié)構(gòu);在技術(shù)架構(gòu)方面創(chuàng)建支持信息訪問、傳遞以及跨庫的集成化應(yīng)用環(huán)境,提高其兼容性、安全性和工作效能;對于多中心數(shù)據(jù)庫尤其需考慮數(shù)據(jù)交換方面采用可擴展標記語言格式以進行數(shù)據(jù)定義,確保數(shù)據(jù)傳輸交換的一致性。同時,在數(shù)據(jù)連接方面采用對象關(guān)系映射框架,以便于集成多種數(shù)據(jù)庫,并實現(xiàn)內(nèi)存數(shù)據(jù)模型與存儲模型之間的相互轉(zhuǎn)換。 實驗室信息化管理系統(tǒng)可針對各研究機構(gòu)自身需求進行選擇和定制開發(fā),整個過程實際上通過多系統(tǒng)交互和信息流傳遞完成,高效、準確、迅速,降低了人力資源成本和系統(tǒng)誤差。(內(nèi)容節(jié)選自《協(xié)和醫(yī)學(xué)雜志》)