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基因測序?qū)嶒炇夜芾硐到y(tǒng)

2023-12-11 11:13


盛元廣通基因測序?qū)嶒炇夜芾硐到y(tǒng)覆蓋完整一代基因測序,旨在提高實驗效率、保證數(shù)據(jù)質(zhì)量和信息均符合相關(guān)的質(zhì)量管理標(biāo)準(zhǔn)或規(guī)范。通過系統(tǒng)對每個環(huán)節(jié)的嚴(yán)格管理,檢測流程管理實現(xiàn)了訂單生成管理、樣本接收、任務(wù)分配、雙盲錄入、樣本領(lǐng)用、結(jié)果錄入、質(zhì)控管理、數(shù)據(jù)管理該解決方案已經(jīng)應(yīng)用于多家第三方檢測實驗室、分子/精準(zhǔn)醫(yī)療檢測中心、特檢實驗室、醫(yī)院等機構(gòu),并持續(xù)迭代更新,以滿足不同客戶的需求。

病原微生物.jpg

系統(tǒng)優(yōu)勢:

信息互通

系統(tǒng)需要能夠接收來自不同測序設(shè)備的數(shù)據(jù),并將其存儲在統(tǒng)一的數(shù)據(jù)庫中,確保數(shù)據(jù)的完整性和可訪問性。確保數(shù)據(jù)的一致性和標(biāo)準(zhǔn)化對于不同系統(tǒng)間的信息互通至關(guān)重要。

質(zhì)量控制

確保實驗室內(nèi)的操作流程標(biāo)準(zhǔn)化和規(guī)范化,包括樣本處理、實驗操作、數(shù)據(jù)采集和存儲等環(huán)節(jié)。建立質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)和指標(biāo),監(jiān)測實驗室內(nèi)每個階段的數(shù)據(jù)質(zhì)量。

溯源數(shù)據(jù)

記錄數(shù)據(jù)處理和分析的所有步驟,包括使用的軟件工具、分析算法和參數(shù)設(shè)置等,以確??芍貜?fù)性和透明度。記錄數(shù)據(jù)生成的所有環(huán)節(jié),包括測序儀器型號、實驗操作人員、測序參數(shù)和時間戳等信息。

安全穩(wěn)定

對于數(shù)據(jù)傳輸和存儲,采用強大的加密技術(shù)確保數(shù)據(jù)安全。包括提高數(shù)據(jù)處理和存儲效率,以確保系統(tǒng)高效穩(wěn)定地運行。

智能判讀

對基因測序數(shù)據(jù)進行快速分析和解讀利用機器學(xué)習(xí)模型對大量已知數(shù)據(jù)進行訓(xùn)練,以識別和預(yù)測特定基因變異與疾病或生理特征之間的關(guān)聯(lián)。

搭載智能硬件

這些儀器能夠快速、準(zhǔn)確地進行大規(guī)模的基因測序。其高速、高通量的特性能夠顯著提高實驗室的產(chǎn)出。整合多個實驗室設(shè)備和系統(tǒng)的信息,提供統(tǒng)一的控制界面,從而簡化實驗流程。

核心功能:

檢測訂單管理:客戶可以通過系統(tǒng)自主填寫個人信息創(chuàng)建測序管理系統(tǒng)賬號,個人登錄賬號可填寫訂單并上傳。系統(tǒng)可記錄有關(guān)訂單客戶的相關(guān)信息、樣品的相關(guān)信息、實驗要求和特殊要求等信息。訂單下發(fā)完成后,客戶可實時查詢訂單的測序進度、測序詳情以及結(jié)果報告等信息,支持客戶單個或批量下載訂單結(jié)果。在實驗室的整個訂單進行過程中產(chǎn)生任何的異常情況,可以通過郵件或客戶端信息發(fā)送的形式通知客戶。

任務(wù)分配:實驗室工作人員可以將各種任務(wù)(如樣本處理、測序操作、數(shù)據(jù)分析等)登記到系統(tǒng)中。然后將任務(wù)分配給相應(yīng)的工作人員或?qū)嶒灲M,確保每個任務(wù)都有責(zé)任人。允許為不同任務(wù)設(shè)置優(yōu)先級,確保緊急任務(wù)能夠得到更快的處理。根據(jù)任務(wù)的緊急程度和重要性自動調(diào)整任務(wù)分配和資源分配。提供實時的任務(wù)狀態(tài)監(jiān)控功能,可以查看任務(wù)的進展情況,發(fā)現(xiàn)并解決可能的延誤或問題。實現(xiàn)任務(wù)分配的自動化,根據(jù)系統(tǒng)規(guī)則和實驗室的工作流程,自動將任務(wù)分配給合適的人員或設(shè)備。能夠智能地調(diào)度實驗室內(nèi)的資源,包括設(shè)備、儀器和人員,以優(yōu)化任務(wù)執(zhí)行的效率。內(nèi)建通信工具,方便實驗室內(nèi)部各個團隊之間的協(xié)作與溝通??梢栽谙到y(tǒng)中留言、共享文件。工作人員可以在系統(tǒng)中確認(rèn)任務(wù)的完成,更新任務(wù)狀態(tài)。

工作流程管理:對客戶提交的樣品進行信息管理,包括樣品的基本信息、送樣時間、樣品圖片、檢測項目、試驗報告時間等。對已收樣檢查無異常后的樣品信息,錄入到檢測業(yè)務(wù)系統(tǒng)中,并通過相關(guān)消息服務(wù)等通知試驗人員按時試驗,并把相關(guān)試驗結(jié)果錄入到系統(tǒng)中,提交下一步校核。試驗結(jié)束后,相關(guān)檢測過程數(shù)據(jù)會發(fā)送給試驗校核人員進行試驗數(shù)據(jù)校核。試驗數(shù)據(jù)及過程數(shù)據(jù)審核通過后,則進行后續(xù)試驗報告打印批準(zhǔn)階段,接收到批準(zhǔn)后,則可以進行相關(guān)試驗報告的打印。試驗報告批準(zhǔn)后,把相關(guān)試驗報告打印出來,并交付給客戶報告打印次數(shù)及試驗業(yè)務(wù)結(jié)算。

樣本接收:

1.?對每個樣本進行登記,包括樣本的來源、標(biāo)識、類型等信息,確保樣本的唯一性和可追溯性。實驗室工作人員根據(jù)訂單要求接收樣本,并進行初步的質(zhì)量控制,如檢查樣本的數(shù)量、外觀、保存情況等。

2.?對接收的樣本進行處理,包括提取、建庫、測序等步驟。

3.?對處理后的樣本進行存儲和管理,包括樣本的存儲位置、溫度、濕度等環(huán)境條件的控制,以及樣本的出入庫管理。

4.?系統(tǒng)允許實驗室工作人員登記每個收到的樣本,包括樣本來源、采集日期、采集者等信息。為樣本引入唯一標(biāo)識符(如條形碼或RFID),以確保樣本在整個流程中的追蹤和識別。

5.?提供實時樣本追蹤功能,讓實驗室管理員隨時了解每個樣本的當(dāng)前狀態(tài)和位置。將樣本分配給相應(yīng)的實驗組或設(shè)備,確保實驗室資源的合理分配。支持根據(jù)實驗需求和樣本特性進行自動化的分配流程。

6.?提供樣本存儲信息,包括存儲位置、存儲條件等,以確保樣本的保存質(zhì)量。允許實驗室人員更新樣本信息,如修改樣本狀態(tài)、添加附加信息等。提供權(quán)限控制,確保只有授權(quán)人員能夠進行樣本信息的修改。

7.?自動發(fā)送通知給相關(guān)人員,提醒他們有新的樣本到達或需要處理。

雙盲錄入樣本在錄入系統(tǒng)時,可能需要使用一種匿名或編碼的方式標(biāo)識,以防止研究人員知曉樣本的身份。系統(tǒng)應(yīng)提供能夠保障雙盲性的標(biāo)識方法,如使用無關(guān)聯(lián)的獨立編碼或隨機生成的樣本標(biāo)簽。測序數(shù)據(jù)、實驗結(jié)果等數(shù)據(jù)的錄入過程也應(yīng)當(dāng)進行雙盲處理。系統(tǒng)可以在數(shù)據(jù)錄入階段采用匿名編碼,只有在分析和解讀階段才揭示樣本的真實身份。限制實驗室工作人員對關(guān)鍵信息的訪問權(quán)限,確保只有特定的研究人員能夠解讀或分析雙盲數(shù)據(jù)。記錄每次錄入和訪問的信息,以便追蹤數(shù)據(jù)的處理歷史。提供盲審的功能,允許獨立的審查人員對數(shù)據(jù)進行審查,確保實驗過程的透明性和質(zhì)量。當(dāng)實驗完成后,系統(tǒng)可以生成雙盲報告,以供研究人員分析,同時隱藏相關(guān)的身份信息。確保報告中不包含可能泄露樣本身份的信息。

樣本處理:根據(jù)實驗需求,準(zhǔn)備適量的樣本,并進行必要的預(yù)處理確保樣本的質(zhì)量和可操作性。將提取的DNA/RNA進行建庫處理,即通過添加測序接頭、PCR擴增等步驟,將DNA/RNA轉(zhuǎn)化為可以進行測序的文庫。對文庫進行質(zhì)量評估,包括文庫的濃度、特異性等指標(biāo)的檢測,確保文庫的質(zhì)量和穩(wěn)定性。將文庫上機進行測序,一般采用高通量測序技術(shù),對測序數(shù)據(jù)進行處理和分析,包括序列比對、變異檢測、基因注釋等步驟,最終得到基因序列數(shù)據(jù)和相關(guān)分析結(jié)果。

質(zhì)控管理:根據(jù)不同的基因檢測項目,設(shè)計相應(yīng)的質(zhì)控品,包括質(zhì)控品的類型、濃度、穩(wěn)定性等指標(biāo)的確定。將處理好的質(zhì)控品進行檢測,包括測序、數(shù)據(jù)分析等步驟,確保質(zhì)控品的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。對質(zhì)控品進行全面管理,包括存儲、使用、報廢等環(huán)節(jié)的管理,確保質(zhì)控品的質(zhì)量和可追溯性。對基因測序?qū)嶒灥娜^程進行質(zhì)量控制,包括樣本準(zhǔn)備、核酸提取、建庫、測序、數(shù)據(jù)處理和分析等環(huán)節(jié)的質(zhì)量控制,確保實驗數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和可靠性。定期對基因測序?qū)嶒炇夜芾硐到y(tǒng)進行質(zhì)量評估,包括評估系統(tǒng)的穩(wěn)定性、準(zhǔn)確性、可重復(fù)性等指標(biāo),確保系統(tǒng)的高質(zhì)量運行。

數(shù)據(jù)分析:檢查數(shù)據(jù)的質(zhì)量,包括檢查測序質(zhì)量得分、測序錯誤率、測序深度和覆蓋度等指標(biāo),以排除可能存在的測序錯誤和質(zhì)量問題。對原始數(shù)據(jù)進行預(yù)處理,包括去除低質(zhì)量讀段、去除接頭序列、去除污染序列等。:根據(jù)研究目標(biāo),對得到的數(shù)據(jù)進行進一步的分析,如關(guān)聯(lián)分析(GWAS)、疾病分類和預(yù)測模型構(gòu)建等。

檢測報告:報告批準(zhǔn)、報告簽發(fā)、報告歸檔等。將實驗過程中產(chǎn)生的所有數(shù)據(jù)進行整合,包括樣本信息、測序數(shù)據(jù)、變異檢測結(jié)果等根據(jù)不同的基因檢測項目和客戶需求,設(shè)計相應(yīng)的報告模板,包括報告的格式、內(nèi)容、排版等。根據(jù)模板和數(shù)據(jù),自動生成檢測報告,包括樣本的基本信息、測序結(jié)果、變異檢測結(jié)果等。對生成的報告進行審核,檢查報告的準(zhǔn)確性、完整性、規(guī)范性等,確保報告的質(zhì)量和可靠性。


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